線画レイヤーのみだと背景が透けてしまうので、線画レイヤーの下に白一色のレイヤーを入れています。

線画レイヤーをアクティブにして、「ファジー選択」ツールで塗りたい場所を選択していきます。 しきい値によってどこまで選択範囲に含めるかがだいぶ変わってくるので、線画によって調整するときれいにできます。

．描画色を、選択した部分を塗りたい色に変更して「塗りつぶし」します。
下塗りなのでだいたいの色でOKです。
肌なら肌、目なら目と、塗る色によってレイヤーを分けると作業しやすいです。

カラーを選択します。

レイヤーの「ソース画像」が下絵となります。 着色作業はこの時点で「キャンパス」のままでOKです。

「ブラシサイズ」を調整します。

「不透明度」や「粗さ」は最初は50%程度に設定しておいて、描いてみてから調整してみましょう。

「ファジー選択」ツールで選択できないような細かい部分や、うまく選択範囲に入らなかった部分は、鉛筆ツールで直接色を塗ります。

．同じようにして、パーツごとにレイヤーを分けて全体を塗っていきます。

人物全体を色分けしたところです。

レイヤー別に細かく塗っていきます。
今回「ブラシ」ツールを使っています。
レイヤーの「透明保護」にチェックを入れると、下塗りの範囲からはみ出さずに塗ることができます。

同じように全てのレイヤーを塗ったところです。

背景をパターンで塗りつぶします。
色を塗ったレイヤーの一番下に1枚レイヤーを追加し、「塗りつぶし」→「パターンで塗りつぶす」を選択します。

絵に合うように色を調整します。
今回は「色」→「色相-彩度」で、色相・輝度・彩度を調整しています。

そのままだと寂しいので、背景に手書きで少し模様を入れます。 今回はブラシのモードを「オーバーレイ」にして、「Sand Dunes」という種類のブラシで色んな色をポンポンと置いてみます。

最後にレイヤーを全て統合します。